En Mega Man: Fully Charged, Mega Man descubre la verdadera razón por la que el Dr. Light lo creó. Y no se parece en nada a su origen como asistente de laboratorio.
La primera iteración del epónimo Mega Man y los muchos más que siguieron han tenido al héroe azul robótico proveniente de orígenes humildes. Rara vez Mega Man comienza inmediatamente como el Bombardero Azul, destruyendo las creaciones del Dr. Wily en el olvido con su Mega Buster y utilizando las Armas Especiales que recolecta de los montones de circuitos y metal retorcido que alguna vez fueron sus adversarios contra ellos. Su propósito original siempre ha sido servir como asistente de laboratorio de su creador y figura paterna, el Dr. Light. Solo después de que el Dr. Wily comienza a causar estragos en el mundo con su creciente ejército de robots, Mega Man, lleno de la abrumadora necesidad de hacer justicia a estos malhechores, se siente obligado a dar un paso al frente y proteger al mundo del malvado científico y sus viles creaciones.
Pero ¡BOOM! Serie especial de seis números de Studios Mega Man: completamente cargado de AJ Marchisello y Marcus Rinehart revela un origen mucho más oscuro y siniestro. Es tan retorcido que el Dr. Light borra los recuerdos de su creación para que su hijo pueda comenzar de nuevo como una pizarra en blanco. El doctor está tan impulsado por su deseo de salvar a Mega Man de su espantoso pasado que lo mantiene en secreto durante la totalidad del programa de televisión animado, que sirve como precuela de esta serie de cómics. Mega Man, también conocido como Aki Light en Completamente cargado, solo descubre la verdad sobre su pasado de Skull Man, un miembro de Robot Masters, un grupo en guerra contra la humanidad. Pero en lugar de decirle a Mega Man directamente, el maestro robot toma una ruta más ambigua y engañosa al implantar imágenes seleccionadas en la mente del Bombardero Azul. Mega Man, al principio, cree que son visiones del futuro, ya que lo muestran luchando junto a su padre en batallas que, hasta donde él sabe, nunca han ocurrido. ¿Pero lo son?
A lo largo de los primeros números, el cómic deja caer algunas pistas masivas que sugieren que el pasado de Mega Man no es tan inocente como él cree. Por ejemplo, el Dr. Light ha sido elegido para servir como negociador principal entre los Robot Masters y la humanidad por ser el más calificado. Y, sin embargo, cuando se dirige a una aparente negociación con Skull Master que resulta ser una artimaña, Skull Man nota la ironía detrás del papel del Dr. Light como negociador, conociendo su historia. Pero, ¿cuál podría ser esa historia?
Toda la situación solo se agrava cuando Mega Man luego se enfrenta a su padre por las visiones en su cabeza, pero es rechazado de inmediato. Aparentemente, esta no es la primera vez que el Dr. Light se niega a hablar sobre el pasado de Mega Man, un punto de discordia con Blue Bomber que luego lo envía a buscar el consejo de un hombre que es cualquier cosa menos un amigo, el Dr. Wily.
Más tarde se supo en el número 3 que Mega Man jugó un papel en un levantamiento de robots anterior conocido como la Edad Dura, donde los robots lucharon por sus derechos como seres de libre albedrío. Para empeorar las cosas, Mega Man descubre por su hermano, Daini, (antes conocido como Namagem) que fue creado específicamente para desempeñar un papel terrible en esta revolución: luchar contra sus hermanos robóticos para que él y sus compañeros robots nunca obtengan los derechos que se merecen.