Aparentemente, APEX de alguna manera no tenía uno, sino dos cráneos de Ghidorah en Godzilla vs. Kong. Esto crea un gran agujero en la trama del Rey de los Monstruos.
Los dos cráneos de Ghidorah en Godzilla contra Kong crear un Godzilla: rey de los monstruos agujero de argumento. Un detalle que puede haber pasado desapercibido para muchos espectadores es que los villanos de la película en realidad no tenían uno, sino dos de las cabezas de Monster Zero. El problema es que esto no tiene mucho sentido en el canon de MonsterVerse. Durante su segunda batalla en Rey de los monstruos, Godzilla mordió la cabeza izquierda de Ghidorah.
Inmediatamente después de la pelea, Ghidorah usó sus habilidades regenerativas para reemplazarlo. La cabeza reapareció en la escena posterior a los créditos de la película, donde fue comprada por Jonah (Charles Dance) con algún propósito desconocido. Volvió a entrar en juego en Godzilla contra Kong cuando los personajes se enteraron de que se estaba utilizando para poner a Mechagodzilla en línea. Según Bernie (Brian Tyree Henry), APEX debe haber tenido dos cráneos y estaba usando los poderes de comunicación telepática de las cabezas para controlar Mechagodzilla. Bernie teorizó que usaron el enlace ascendente psiónico de Ren Serizawa para conectarse con un segundo cráneo que estaba ubicado dentro del cuerpo mecanizado del Titán.
El segundo cráneo mencionado en Godzilla contra Kong nunca se mostró, pero la novelización de la película confirmó que la teoría de Bernie era correcta. Un capítulo del libro reveló que entre los eventos de las dos películas, Walter Simmons (Demián Bichir) se las compró a Jonah. Cómo Jonás adquirió uno no necesita explicación gracias a Rey de los monstruos escena post-créditos, pero cómo consiguió el segundo es un misterio sin una respuesta clara. De hecho, la mera existencia del cráneo parece ser un agujero en la trama. Incluyendo el que Godzilla mordió, Ghidorah tuvo un total de cuatro cabezas en el transcurso de la historia. Dos fueron borrados por su pulso nuclear cuando estaba en su forma ardiente, y un tercero fue eviscerado por su aliento atómico cuando estaba en su boca.
No quedó nada de las tres cabezas destruidas para ser rescatadas, sin embargo, APEX inexplicablemente tenía una en su poder, y ni la película ni la novelización intentaron descifrar este misterio. Es cierto que Ghidorah posee capacidades regenerativas, lo que podría llevar a algunos a preguntarse si Jonah usó su ADN para diseñar genéticamente un segundo. Sin embargo, el problema con esa teoría es que si el villano emprendedor Jonah tenía los científicos y los recursos a su disposición para hacer tal cosa, debería haber podido entregar las tres cabezas. En el libro, Simmons estaba decepcionado de que dos fuera todo lo que Jonah podía conseguir. Entonces, considerando todas las cosas, es probable que Jonah le diera las cabezas a Simmons porque realmente no había nada que pudiera hacer con ellos.
A menos que Jonah de alguna manera descubrió una cabeza de Ghidorah perdida de hace miles de años (lo que también se siente bastante improbable), parece que no hay una respuesta lógica que tenga sentido para el segundo cráneo. Dado que nunca se mostró y el público lo pasó por alto en gran medida, es posible que no se considere un tema importante para la historia. Pero, tuvo mucho que ver con el funcionamiento de Mechagodzilla en MonsterVerse, por lo que habría sido preferible para Godzilla contra Kong haber encontrado alguna manera de explicarlo.