Traer orden y comprensión a la información no estructurada ubicada en silos dispares ha sido uno de los avances más importantes de la era del big data, y hoy es una startup europea que ha construido una plataforma para ayudar con este desafío específicamente en el área de las ciencias de la vida, y lo ha hecho, en particular, ha sido utilizado por laboratorios para secuenciar y hasta ahora identificar dos variantes principales de Covid-19: está anunciando algunos fondos para continuar desarrollando sus herramientas para un conjunto más amplio de casos de uso y para expandirse a América del Norte.
Seqera Labs, una plataforma de flujo de trabajo y orquestación de datos con sede en Barcelona diseñada para ayudar a los científicos e ingenieros a ordenar y obtener información de los tesoros de datos genómicos basados en la nube, así como para abordar otras aplicaciones de ciencias de la vida que implican el aprovechamiento de datos complejos de múltiples ubicaciones, ha planteado $ 5,5 millones en financiación inicial.
Tal capital y Speedinvest codirigió esta ronda, con la participación también de patrocinadores anteriores BoxOne Ventures y una subvención del Iniciativa Chan Zuckerberg, Mark Zuckerberg y el esfuerzo de la Dra. Priscilla Chan para respaldar proyectos de software de código abierto para aplicaciones científicas.
Seqera, un acrónimo de “secuencia” y “era”, la era de la secuenciación de datos, básicamente, había recaudado anteriormente menos de $ 1 millón y, en silencio, ya está generando ingresos, con cinco de las compañías farmacéuticas más grandes del mundo como parte de su cliente. base, junto con clientes de biotecnología y otras ciencias de la vida.
Seqera nació del Center for Genomic Regulation, un centro de investigación biomédica con sede en Barcelona, donde se construyó como la aplicación comercial de Nextflow, software de flujo de trabajo de código abierto y orquestación de datos creado originalmente por los fundadores de Seqera, Evan Floden y Paolo Di Tommaso, en la CGR.
Floden, el CEO de Seqera, le dijo a TechCrunch que él y Di Tommaso estaban motivados para crear Seqera en 2018 después de ver que Nextflow ganaba mucha tracción en la comunidad de las ciencias de la vida y, posteriormente, recibía muchas solicitudes repetidas para una mayor personalización y funciones. Tanto Nextflow como Seqera han tenido un gran uso: el tiempo de ejecución de Nextflow se ha descargado más de 2 millones de veces, dijo la compañía, mientras que la oferta de nube comercial de Seqera ahora ha procesado más de 5 mil millones de tareas.
La pandemia de Covid-19 es un ejemplo clásico del grave desafío que Seqera (y por asociación Nextflow) pretende abordar en la comunidad científica. Con los brotes de Covid-19 ocurriendo a nivel mundial, cada vez que se procesa una prueba de Covid-19 en un laboratorio, se recolectan muestras genéticas vivas del virus. En conjunto, estos millones de pruebas representan una mina de oro de información sobre el coronavirus y cómo está mutando, y cuándo y dónde lo está haciendo. Para un virus nuevo sobre el que se sabe tan poco y que aún persiste, son datos invaluables.
Por tanto, el problema no es si los datos existen para obtener mejores conocimientos (sí); es que es casi imposible usar más herramientas heredadas para ver esos datos como un cuerpo holístico. Está en demasiados lugares, y hay demasiado, y crece todos los días (y cambia todos los días), lo que significa que los enfoques tradicionales de transferir datos a una ubicación centralizada para ejecutar análisis en ellos simplemente no serían eficientes , y su ejecución costaría una fortuna.
Ahí es donde entra en juego Segera. La tecnología de la compañía trata cada fuente de datos en diferentes nubes como una tubería saliente que puede fusionarse y analizarse como un solo cuerpo, sin que los datos salgan de los límites de la infraestructura donde ya existe. Personalizado para centrarse en los tesoros genómicos, los científicos pueden consultar esa información para obtener más información. Seqera fue fundamental para el descubrimiento de las variantes alfa y delta del virus, y el trabajo aún está en curso a medida que Covid-19 continúa golpeando el mundo.
Seqera se está utilizando en otros tipos de aplicaciones médicas, como en el ámbito de la llamada “medicina de precisión”. Esto está surgiendo como una gran oportunidad en campos complejos como la oncología: el cáncer muta y se comporta de manera diferente dependiendo de muchos factores, incluidas las diferencias genéticas de los propios pacientes, lo que significa que los tratamientos son menos efectivos si son “de una talla para todos”.
Cada vez más, vemos enfoques que aprovechan el aprendizaje automático y el análisis de big data para comprender mejor los cánceres individuales y cómo se desarrollan para diferentes poblaciones, para posteriormente crear tratamientos más personalizados, y Seqera entra en juego como una forma de secuenciar ese tipo de datos.
Esto también destaca algo más notable sobre la plataforma Seqera: es utilizada directamente por las personas que están analizando los datos, es decir, los propios investigadores y científicos, sin que necesariamente los especialistas en datos tengan que involucrarse. Esta era una prioridad práctica para la empresa, me dijo Floden, pero no obstante, es un detalle interesante de cómo la plataforma es inadvertidamente parte de esa tendencia más grande de software “sin código / código bajo”, diseñado para hacer que los procesos altamente técnicos sean utilizables. por personas no técnicas.
Es tanto la oportunidad existente como la forma en que Seqera podría aplicarse en el futuro a otros tipos de datos que viven en la nube, lo que la convierte en una empresa interesante y también parece una inversión interesante.
“Los avances en el aprendizaje automático y la proliferación de volúmenes y tipos de datos están llevando a cada vez más aplicaciones de la informática en las ciencias de la vida y la biología”, dijo Kirill Tasilov, director de Talis Capital, en un comunicado. “Si bien esto es increíblemente emocionante desde la perspectiva de la humanidad, también está disparando el costo de los experimentos a, a veces, millones de dólares por proyecto, ya que se vuelven pesados por computadoras y complejos de ejecutar. Nextflow ya es una solución ubicua en este espacio y Seqera está impulsando esas capacidades a nivel empresarial y, al hacerlo, está llevando a toda la industria de las ciencias de la vida a la era moderna. Estamos encantados de ser parte del viaje de Seqera “.
“Con la explosión de datos biológicos de la secuenciación de ADN comercial y barata, existe una necesidad urgente de analizar cantidades cada vez mayores y complejas de datos”, agregó Arnaud Bakker, director de Speedinvest. “El marco abierto y basado en la nube de Seqera proporciona un conjunto de herramientas avanzadas que permite a las organizaciones escalar implementaciones complejas de análisis de datos y habilitar soluciones de ciencias biológicas basadas en datos”.
Aunque la medicina y las ciencias de la vida son quizás las aplicaciones más obvias y oportunas de Seqera en la actualidad, el marco diseñado originalmente para la genética y la biología se puede aplicar a otras áreas: la capacitación en inteligencia artificial, el análisis de imágenes y la astronomía son tres casos de uso tempranos, dijo Floden. La astronomía es quizás muy apta, ya que parece que el cielo es el límite.
“Creemos que estamos en el siglo de la biología”, dijo Floden. “Es el centro de actividad y se está volviendo centrado en los datos, y estamos aquí para crear servicios en torno a eso”.
Seqera no da a conocer su valoración con esta ronda.
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