Star Trek: Descubrimiento finalmente ha revelado dónde estaba el Enterprise durante la Guerra Klingon. La Enterprise puede estar destinada a convertirse en el buque insignia de la Federación Unida de Planetas, pero en realidad se mantuvo fuera de la Guerra Klingon en Star Trek: Descubrimiento temporada 1, con la Federación negándose a retirar al Capitán Pike y su tripulación. Esa decisión claramente no se sentó cómodamente con Pike, y en la temporada 2 se enfrentó varias veces con Starfleet Admirals sobre si el Enterprise debería haber sido llamado de nuevo.
En una escena clave, el vicealmirante Cornwell le explicó a Pike que había una razón simple por la que no había ordenado al Enterprise entrar en la refriega. Ella creía que la batalla contra los klingon era un momento decisivo para la Federación, y temía que las decisiones de la Federación comprometieran su moralidad. Como tal, en su opinión, era imperativo que el capitán en el que más confiaba estuviera garantizado para sobrevivir para servir como la voz de la razón, representando los mejores ideales de la Federación.
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Por lógico que sea el argumento de Cornwell, Star Trek: DescubrimientoLa última novela oficial vinculada ha revelado que había otras razones por las que Pike y su equipo no fueron retirados del mercado. John Jackson Miller's La guerra empresarial explica exactamente lo que estaba haciendo la USS Enterprise mientras la Federación estaba en guerra. También revela que la Federación tenía planes para la Enterprise, planes que sugieren lo mal que iba la guerra.
En el momento en que estalló la Guerra Klingon, la Enterprise estaba explorando la Nebulosa Pérgamo, una de las áreas más hostiles en el espacio, que se encontraba cerca de la intersección de las rutas populares entre los buscadores civiles. La nave había sido sometida a un importante reacondicionamiento para cartografiar el Pérgamo, con una gran cantidad de tecnología experimental instalada en sus sistemas, explicando claramente por qué DescubrimientoEl Enterprise se veía un poco diferente. Sin embargo, incluso con todas estas modificaciones, la Enterprise estaba en gran parte fuera de contacto con la Tierra, con niveles de radiación de fondo que solo ocasionalmente caían a niveles donde era posible una comunicación de largo alcance. Pike ni siquiera aprendió sobre la Guerra Klingon hasta dos meses después de la Batalla de las Estrellas Binarias.
La Federación rápidamente vio una oportunidad en la misión de Pike, aunque inicialmente intentaron ocultársela. El almirante Terral reconoció el riesgo de que la Federación perdiera la guerra, y esperaba que la Enterprise pudiera encontrar un mundo habitable en el corazón del Pérgamo, uno que pudiera servir como un refugio adecuado para la humanidad. Con barcos como el Enterprise y el Discovery, la Federación podría establecer una última colonia y vivir en paz en el Pérgamo, a salvo de los klingon, que no podrían perseguirlos hasta la nebulosa. A medida que avanzaba la guerra, la Federación renunció a esta idea y simplemente esperó que Pike y su tripulación pudieran dar un legado a la raza humana cuando los klingon habían destruido la Tierra. Cornwell envió lo que temía sería su mensaje final; "Si esto sale mal, Chris, asegúrate de que la gente sepa que estuvimos aquí." Star Trek: Descubrimiento solo había insinuado que las cosas eran tan sombrías, pero La guerra empresarial deja en claro que las razas de la Federación creían que se enfrentaban a la extinción a manos de los klingon.
Desafortunadamente, el Enterprise se encontró con formas de vida hostiles que vivían dentro del Pérgamo, dos razas encerradas en una guerra centenaria. Incluso el Enterprise era vulnerable en un terreno tan hostil, y algunos de sus tripulantes fueron llevados como esclavos, mientras que otros quedaron varados en una luna estéril. Spock quedó aislado y recibió una visita del Ángel Rojo cuando estaba en el punto de la muerte. Le tomó al Capitán Pike la mejor parte de un año para rescatar a su tripulación y establecer una paz incómoda en el Pérgamo. Cuando el Enterprise finalmente emergió de la nebulosa, y recogió todos los mensajes que había enviado, la Guerra Klingon había terminado. Pike solo podía reflejar con tristeza que creía que podría haber salvado vidas de la Federación si su barco hubiera sido parte del esfuerzo de guerra.