En Marvel Comics, el origen de los superpoderes de Red Skull es mucho más oscuro que en el MCU, e implica robar el cuerpo del Capitán América.
En la UCM, el craneo Rojo es un supersoldado alemán creado por los nazis durante la Segunda Guerra Mundial, pero en Marvel Comics el origen de sus superpoderes es mucho más oscuro, y consiste en robar Capitan Americael cuerpo Red Skull, de hecho, no era originalmente un súper soldado, se convirtió en uno después de que Arnim Zola trasplantara su mente en un cuerpo clonado de Steve Rogers.
Johann Schmidt era un agente especial nazi, encargado de operaciones de sabotaje y espionaje en los Estados Unidos. Así es como chocó por primera vez con Steve Rogers, el Capitán América, antes de ser enviado a Europa para ayudar a EE. UU. a ganar la guerra. En los últimos días del conflicto, Cap y Red Skull lucharon en Berlín, donde Schmidt fue enterrado bajo tierra después de una explosión y puesto en animación suspendida después de inhalar un gas experimental. Aunque Red Skull de MCU pasó por múltiples revisiones, la versión cómica del personaje es muy diferente a la que se ve en las películas, donde Schmidt era el jefe de HYDRA, quien probó una versión del Suero de Super-Soldado del doctor Erskine en sí mismo. En Marvel Comics, el Capitán América y Red Skull despertaron de la animación suspendida décadas después de la guerra, reiniciando su amarga rivalidad. El gas que Skull inhaló en Berlín, sin embargo, tuvo efectos secundarios peligrosos. Schmidt se enteró de que estaba a punto de morir, por lo que promulgó un plan que no solo aseguraría su supervivencia sino que también se burlaría de su peor enemigo para siempre. Después de luchar contra el Capitán América por última vez, Red Skull murió por los efectos del gas.
Sin embargo, en Capitan America vol. 1 # 350, por Mark Gruenwald, Kieron Dwyer y Gregory Wright, se reveló que el doctor Arnim Zola había usado su tecnología de marca registrada para preservar la mente de Skull, y luego la transfirió dentro de un cuerpo que clonó a partir del ADN de Steve Rogers. El Cráneo Rojo nuevo y mejorado resultante tenía todas las habilidades del Capitán América, debido al Suero del Súper Soldado en su ADN. Afortunadamente, pudo hacerse pasar por Steve Rogers, porque después de haber sido expuesto a su propio veneno “Polvo de la Muerte”, su rostro tomó una vez más la espantosa apariencia de una calavera roja.
Esta fue una gran violación para Steve, quien estaba constantemente atormentado por el hecho de que Red Skull estaba usando su cuerpo y sus poderes para lastimar a otros. Cuando Schmidt fue asesinado más tarde en Capitan America vol. 5 # 2, Steve deja muy claro que nunca olvidó ni superó el hecho de que este fue el caso, y que Red Skull pudo continuar prosperando y haciendo el mal debido a su ADN. Esto hizo que las habilidades de Red Skull fueran mucho más personales para Steve, y su existencia continua un verdadero ultraje. Para empeorar las cosas, en un momento Red Skull salvó la vida del Capitán América. Cuando una explosión en un laboratorio de metanfetamina convirtió el suero de súper soldado de Steve en veneno, Red Skull le realizó una transfusión total de fluidos, lo que fue posible solo porque tenían exactamente los mismos cuerpos.
Incluso si representan valores totalmente opuestos, las vidas del Capitán América y Red Skull parecen estar interconectadas en un nivel profundo. En realidad, Cap se creó porque EE. UU. necesitaba un agente especial para contrarrestar las actividades de Skull en el país, y Schmidt sobrevivió usando el cuerpo de Steve como recipiente. Incluso si esta horrible situación llegó a su fin cuando Schmidt fue asesinado y resucitado en otro cuerpo, Capitan America nunca olvidaré que durante años el craneo Rojo usó sus poderes de súper soldado para dañar al mundo entero y promulgar su retorcida ideología de persecución y tiranía.